Posebnost mokrišč so vodoljubne (hidrofilne) rastline, makrofiti (višje vodne rastline), ki so poleg cianobakterij in alg primarni producenti. Zaradi značilne vegetacijske (rastlinske) sestave in talnih značilnosti, mokrišča prečiščujejo vodo, ki gre skoznje (usedanje, zadrževanje hranilnih snovi, odlaganje strupenih snovi, ki jih človek sprošča v okolje). Rastline tako delujejo kot naravne »čistilne naprave«, vendar pa imajo zelo omejene zmogljivosti. Ko se voda razlije po polju, bogata močvirska vegetacija sproti porablja hranila (predvsem dušik in fosfor) in zadržuje strupene snovi, ki se izpirajo iz okoliških kmetijskih površin, ali pa jih prinašajo pritoki. V sušnem obdobju pa obremenjenost lahko presega samočistilne sposobnosti in voda neočiščena odteka v podzemlje. Mokrišča so torej lahko tudi sekundarni vir onesnaženja. Vsebujejo lahko strupene (toksične) snovi, ki se v njih nalagajo skozi leta. Ujete strupene snovi (npr. težke kovine, PCB, ostanki fitofarmacevtskih sredstev), se v usedlinah kopičijo. Rastline so sicer sposobne kopičiti večje količine strupenih snovi, vendar pa le te lahko prehajajo preko prehranjevalnih verig iz rastline v živali.